Здравствуйте.
Отвечаем на ваши вопросы.
1) Да, вполне могут.
2) Да, более подробно можно ознакомиться в специальной теме
здесь.
3) Система отделов Института есть. Спасибо что заметили отсутствие подобной информации. В отделе Расследований в частности она достаточно проста. Есть начальник - ответственное лицо, имеющее вес и распоряжающаяся ресурсами, а так же несущее ответственность за остальных, и условно работники отдела, подчиняющиеся. Как таковых званий нет.
4) А вот это самая пожалуй интересная тема. Знание спецслужбами деятельности Института не исключено. Двойные агенты - возможны. А есть примеры даже содействия ФБР Институту в лице анкеты одного из сотрудников -
Элен Хэйзер.
5) Технологии остались неизменны. Однако парочка новшеств все же есть. Как таковые бронефутболки Института (тут огромный намек на Эру Водолея). Другое дело - исследования Истории, Химии и Биологии. Тут можете разгуляться вполне. Наличие непривычных рас, возможно неземные хим. вещества и так далее.